一騎、甲洋、剣司、衛、真矢、翔子、咲良。ファフナーに乗り、戦うために選抜された少年たちの訓練がはじまる。まず、彼らに突きつけられたのは、「自分の心」と向き合うこと。それぞれの心に抱える「痛み」は彼らにどんな「海」を見せるのか。そしてその先に、何を見出すのか―――。