篁博士らの救出任務を帯び、セカンドアースに降下した葵晴斗たち。だが、部隊は敵の待ち伏せに遭い壊滅状態に陥った。ハッキングを防ぐため自ら起動停止したガンホークの“献身”もあり、危地を脱した晴斗は、全ての元凶が暴走した人工汎用知能ALICEにあることを知り、抗戦部隊「黙示録の四騎士」に同行する。