西暦20XX年、全世界を震撼させる戦慄の爆弾テロが発生。驚異の破壊力を持つ窒素爆弾が世界中の海底に仕掛けられた。「セカイをキレイにしよう」と“やくそく”をしたNWD〈近代兵器処理隊〉のナギとマチが、この未曾有の危機に立ち向かう。爆発までに残された時間は、あと10日……。