第三機関・異篇卿の拠点への潜入部隊に選ばれたシェルティス。彼は、己の魔笛を解除する手かがりを求め、異篇卿イグニドが知っている魔笛の情報を聞き出そうとする。一方、千年獅レオンの前には意外な敵が現れ……!?