いくつものアルバイトをかけ持ちし、生活費を稼ぐ日々を送っていたアミリア=エヴァンス。彼女の願いは、難病を抱えながら必死に勉学に励む弟のルークを名門校へ入学させてあげることだった。しかし、ルークの病状の悪化のため多額の治療費が必要となったアミリアは、金融業者に不審な契約を持ちかけられ、とある施設を訪れる。そこは、従来のパンドラとは違う新たな存在、 「Eパンドラ」を生み出すための研究所だった──!