宇宙エレベーター「エンデュミオン」の完成が迫る学園都市。「上条当麻」と「インデックス」は、歌手を夢見る少女「鳴護アリサ」と出会い、オーディション合格の一報を共に喜んでいた。しかし突如として現れた魔術サイドがアリサを襲撃する。彼女を狙うその理由とは一体…!? 科学と魔術、地上と宇宙、禁書目録と超電磁砲のすべてが交差する、奇蹟の劇場版アニメを完全コミカライズ!!