コンボイ総司令官が放った呼びかけに応えて、銀河にちらばっていたサイバトロン戦士が続々と地球に集結しつつあった。だがその一方で、デストロン軍団もまた飛来してきたのだ! ローマ、上海をはじめとする世界各地で、人類・サイバトロン連合軍とデストロン軍団との死闘が繰り広げられる!やがて深海に封じこめられていたメガトロンの奪回に成功した軍団は、恐怖の存在“堕落せし者”を復活させるべく動き始めるが……。